Η ίδρυση του κολυμβητικού τμήματος, χρονολογείται από το 2000. Η πρωτοβουλία ομάδας γονέων με επικεφαλής τον κ. Τσίρλη Μιχάλη και πρωτεργάτες τους κ.κ. Παπαγεωργίου Δημήτρη και Αποστολίδου Δώρα βρήκε θετική ανταπόκριση από την Διοίκηση του συλλόγου και έτσι στις 15 Μαΐου του 2000 πραγματοποιήθηκε η πρώτη προπόνηση στο κολυμβητήριο του Στρεμπενιώτη με προπονητή τον κ. Θεοδωρίδη Χρήστο. Η απήχηση που είχε το τμήμα υπήρξε εντυπωσιακή, με τον αριθμό των νεαρών αθλητών να παρουσιάζει κατακόρυφη αύξηση. Από τον Ιούλιο του 2000 ανέλαβε υπεύθυνος προπονητής της ομάδας ο κ. Νικοδέλης Θωμάς ενώ ο κ. Νταμπάκης Βασίλης άρχισε να δουλεύει στην ομάδα από το Σεπτέμβρη του 2001. Και οι δύο καθοδηγούν προπονητικά την ομάδα μέχρι και σήμερα. Επίσης, ο κ. Καϊμακάμης Γιώργος υπήρξε πολύτιμος συνεργάτης για 10 χρόνια από το Σεπτέμβρη του 2000 έως και το 2010. Άλλοι σημαντικοί προπονητές για την ομάδα ήταν και είναι οι παλιοί κολυμβητές του συλλόγου κ.κ. Λαζαρίδης Βασίλης, Αποστολίδης Σταύρος, Τσίρλης Στέφανος, Βαχλή Θάλεια και ο Λαζαρίδης Τηλέμαχος.

Η πρώτη επίσημη δραστηριότητα του νεοσύστατου τμήματος υπήρξε η συμμετοχή στο camp προετοιμασίας το Πάσχα του 2001 με 35 αθλητές, ενώ η πρώτη αθλήτρια που συμμετείχε σε Πανελλήνιο πρωτάθλημα ήταν η κ. Κότιου Ειρήνη στα 50 και 100μ. ελεύθερο στην κατηγορία των Πανκορασίδων Β’.

Η υποδειγματική λειτουργία του δραστήριου τμήματος διαδόθηκε γρήγορα, με αποτέλεσμα να έχουν διδαχθεί την κολύμβηση με τα χρώματα του Μακεδονικού χιλιάδες παιδιά μέχρι σήμερα, η συντριπτική πλειονότητα των οποίων προέρχεται από τις δυτικές συνοικίες της Θεσσαλονίκης. Στην αγωνιστική δράση με την ταχεία πρόοδο που σημείωσε, το τμήμα κολύμβησης κατάφερε να συγκαταλέγεται από το 2002 στις πέντε πρώτες ομάδες της Θεσσαλονίκης, ενώ το 2012 κατέλαβε την τρίτη θέση στην επίσημη βαθμολογία της ομοσπονδίας στο σύνολο των αγωνιστικών δραστηριοτήτων της.

Από τους σημαντικότερους αθλητές του Μακεδονικού είναι η κ. Κώστα Ειρήνη. Η κολυμβήτρια έχει στο ενεργητικό της πολλές επιτυχίες, οι σπουδαιότερες εκ των οποίων είναι η κατάκτηση του χρυσού μεταλλίου στο Βαλκανικό πρωτάθλημα το 2002 στα 50μ ελεύθερο, της όγδοης θέσης στο Πανευρωπαϊκό του 2004 στη Μαδρίτη, καθώς και η συμμετοχή της στους Ολυμπιακούς αγώνες της Αθήνας. Ως το 2005 που τερμάτισε την καριέρα της αγωνίστηκε πολλές φορές με τα χρώματα της Εθνικής Ομάδας Κολύμβησης και κατέκτησε πολλά πανελλήνια μετάλλια στα 50, 100 και 200μ. ελεύθερο και στα 50 και 100μ. πεταλούδα.

Μεγαλωμένη στην οικογένεια του Μακεδονικού, είναι και η αθλήτρια Πασαλίδου Στέλλα με πολλές επιτυχίες τόσο σε Πανελλήνιο όσο και σε Πανευρωπαϊκό επίπεδο, με συμμετοχή σε Πανευρωπαϊκούς αγώνες το 2010 και με χρυσά βαλκανικά μετάλλια τα 2010 και 2011. Διακρίθηκε επίσης σε πανελλήνια πρωταθλήματα με μετάλλια στα αγωνίσματα της μικτής ατομικής και της πεταλούδας. Αξιομνημόνευτες είναι και οι επιτυχίες των αθλητών Τσερνισόβα Όλγας με πανελλήνια μετάλλια στο αγώνισμα της πεταλούδας, Κιτιξή Χαράς με πανελλήνια μετάλλια στο αγώνισμα του προσθίου, Λαζαρίδη Τηλέμαχου με ιδιαίτερες επιδόσεις στα 100 και 200μ. ύπτιο και Αργυρόπουλου Γεράσιμου στα αγωνίσματα της Μικτής Ατομικής.

Το τμήμα υδατοσφαίρισης ιδρύθηκε το 2001 με πρώτους προπονητές τους κ.κ. Θεοδωρίδη Χρήστο και Καϊμακάμη Γιώργο, ενώ τα τελευταία χρόνια υπεύθυνος προπονητής είναι ο κ. Αποστολίδης Σταύρος. Το τμήμα αυτό συμμετέχει στα πανελλήνια πρωταθλήματα των διαφόρων κατηγοριών και διαθέτει περίπου 45 αθλητές-τριες που προπονούνται στο κολυμβητήριο της Νεάπολης. Η αντρική ομάδα αγωνίζεται στην Γ’ Εθνική κατηγορία, ενώ η γυναικεία στην Β’ Εθνική κατηγορία.